Zaletą cystoskopii giętkiej są mniejsze dolegliwości bólowe i dyskomfort podczas wprowadzania narzędzia przez cewkę moczową do pęcherza. Lekarzom daje ona możliwość dokładniejszej oceny pęcherza moczowego szczególnie w miejscach trudno dostępnych dla sztywnego cystoskopu a przede wszystkim minimalizuje traumatyczność zabiegu i poprawia ogólny komfort pacjenta.